集体土地的管理部门主要是 国土资源管理局体系，这一体系实行垂直管理制度。具体管理职责如下：
村委会：
作为基层管理机构，依法管理本村农民集体所有的土地和其他财产，包括耕地、宅基地等，并负责相关资源的合理利用、生态环境保护、基础设施建设等工作。
乡（镇）国土资源管理所：
负责协助上级国土资源管理部门，开展本行政区域内的土地资源调查、登记、统计、地籍档案管理等工作，以及农村住宅用地、公共设施用地的审核报批和监管。
县、市、省国土资源管理局：
分别承担着不同的管理职责，共同构成了农村集体土地管理的完整体系。
国家级国土资源部：
负责全国范围内的土地资源管理和政策制定。
此外，根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》，农民集体所有的土地，由土地所有者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地所有权证书，确认所有权。农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。
综上所述，集体土地的管理部门从基层到中央依次为村委会、乡（镇）国土资源管理所、县（市、省）国土资源管理局和中华人民共和国国土资源部。具体事务可由这些部门依据各自职责和权限进行管理和操作。
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