百合花的根有两种，分别是 肉质根和 纤维根。
肉质根：
也被称为下盘根，生长在土壤中，具有较强的吸水能力。肉质根的数量多达几十条，分布在45~50厘米深的土层中，能够吸收大量的水分，并且隔年不会枯萎。
纤维根：
也被称为上盘根或不定根，通常在地上茎抽出后开始生长。纤维根的数量通常很多，有180条左右，分布在土壤表层，有固定和支持地上茎的作用，同时也有吸收营养物质的功能。
百合花的根茎形状类似大蒜瓣，由多个鳞片相互叠生组成，表面呈绿色或棕红色，无毛无刺。
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