指纹鉴定应当在 司法鉴定机关或 公安机关进行，具体取决于案件的性质。
民事纠纷
当事人可以主动申请法院委托相应的司法鉴定机关进行指纹鉴定。
刑事案件
公安机关的法医或鉴定机关会主动采集相关指纹进行鉴定，用以指证案件的犯罪嫌疑人。
建议
民事案件：建议当事人向管辖法院申请鉴定，由法院指定或双方协商确定的鉴定人进行鉴定，以确保鉴定结果的权威性和公信力。
刑事案件：无需当事人主动申请，公安机关的法医或鉴定机关会依法处理指纹鉴定事宜。
选择鉴定机构时，应重点考虑其资质、信誉及费用，以确保鉴定结果的准确性和可靠性。
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