深圳办理健康证是免费的。根据最新的信息，自2017年4月1日起，行政事业单位取消了预防性体检费，因此办理健康证不再需要支付费用。不过，在办理时，您可能需要提供从业单位或拟从业单位开具的相关证明资料。
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